1921 m. balandžio 1 d. buvo įsteigti Aukštųjų karininkų kursai, o 1922 m. lapkričio 4 d. įsakymu kariuomenei Nr. 242 priimtas kursų statutas, kuriame buvo numatytas Generalinio štabo skyrius. Tik paruošus pakankamą kvalifikuotų su aukštuoju kariniu išsilavinimu karininkų skaičių, 1931 m. gen. P. Kubiliūno iniciatyva Kaune buvo įkurta aukštoji karo mokykla – Vytauto Didžiojo karininkų kursų Generalinio štabo skyrius. Generalinio štabo kursų I laidos pradžia reikėtų laikyti 1931 m. sausio 22 d., kada pasirodė Vyriausiojo štabo aplinkraštis Nr. 46049, skelbiantis apie numatomą Generalinio štabo kursų steigimą ir nustatantis kursų kandidatams stojimo sąlygas.
Visus pagrindinius karinius dalykus dėstė Generalinio štabo karininkai, baigę mokyklas užsienyje. Dėstant pagrindinius dalykus, buvo laikomasi principo, kad lektoriai būtų baigę tą pačią užsienio karo mokyklą. Tam tikrų pagrindinių dalykų (bendroji taktika, Generalinio štabo tarnyba) lektoriai buvo etatiniai, o jiems talkino asistentai.
Visi Lietuvos generalinio štabo karininkai buvo baigę Europos valstybių aukštąsias karo mokyklas. Tačiau ir įsteigus 1931 m. savąją aukštąją karo mokyklą – Generalinio štabo skyrių – ryšiai su užsienio mokyklomis nebuvo nutraukti.
1938 m. gruodžio 10 d. LR Prezidento priimtas įstatymas, pagal kurį Vytauto Didžiojo karininkų kursai pavadinami Vytauto Didžiojo aukštąją karo mokykla, kurios tikslas – 1) suteikti karininkams aukštojo karo mokslo žinių, 2) kurti ir tobulinti karo mokslą ir jo rezultatus taikyti krašto sąlygoms ir poreikiams. Remiantis Vytauto Didžiojo aukštosios karo mokyklos įstatymo 27 str. (Vyriausybės žinios, 1938 m., Nr. 627), krašto apsaugos ministras brg. gen. K. Musteikis ir kariuomenės vadas brg. gen. S. Raštikis 1938 m. gruodžio 19 d. paskelbė Vytauto Didžiojo aukštosios karo mokyklos statutą.
Ši aukštoji karo mokykla rengė karininkus, kurie galėtų dirbti Generaliniame štabe bei vadovauti dideliems kariniams daliniams. Aukštoji karo mokykla ypatingai vertinga dėl to, kad joje įgyjamos žinios galėjo būti taikomos specifinėmis mūsų krašto sąlygomis. Joje jau buvo pradėtos kurti naujos Lietuvai tinkamos karinės doktrinos. Spėta parengti 3 Generalinio štabo karininkų (57 karininkai) ir 1 intendantų laidą (7 karininkai). Ketvirtoji laida mokslo metus pradėjo 1939 m. Dar 1940 m. pradžioje pradėta rinkti Aukštosios karo mokyklos Generalinio štabo skyriaus penktoji laida, tačiau, prasidėjus sovietinei okupacijai, Vytauto Didžiojo aukštoji karo mokykla buvo uždaryta, daug absolventų ir dėstytojų ištremta į Sovietų Sąjungą ar nužudyta.